V Hamburku studoval Čapek kromě teologie také filozofii a jazyky. Sám se živil, jeho rodiče ho finančně podporovat nemohli. Čapkův teologický profil prošel v semináři proměnou. Jeho původní ortodoxně kalvínské přesvědčení oslabilo a na konci studií již měl problémy jak s christologií, tak s otázkou predestinace.[1] V semináři navštěvoval přednášky Waltra Rauschenbusche, orientovaného na sociálně angažované křesťanství, tzv. hnutí sociálního evangelia. Tyto přednášky prohloubily Čapkův zájem o sociální otázky.[2] Čapek se přiklonil ke křesťanskému socialismu. Zároveň se zajímal také o jiné náboženské směry, především o theosofii. Na baptismus začínal pohlížet z většího odstupu. Jeho usilovné studium vedlo až k nervovému zhroucení.[3]

Po absolvování semináře působil jako baptistický duchovní v saské Horní Plánici. Nadále se vzdělával, dojížděl na univerzitu do Lipska. Promýšlel baptistickou věrouku a došel k závěru, že pro něj je důležitější praktické uskutečňování Ježíšova evangelia než dogmatické spekulace. Dokonce opomíjel  i liturgickou stránku a nezdůrazňoval křestní obřad tak, jak by jako baptista měl.[4] V osobním životě prožil Čapek v Sasku významnou změnu, r. 1895 se poprvé oženil[5] (Čapek byl ženatý třikrát, dvakrát ovdověl a ze všech manželství měl celkem jedenáct dětí).[6] Přál si však vrátit se do vlasti, proto r. 1898 odjel i s rodinou do Brna.[7]

V Brně strávil šestnáct let. Přijal tam místo redaktora v  Novém lidu a Pravdě.[8] Vnitřní nespokojenost jak s baptismem, tak s křesťanstvím vůbec, jej vedla ke studiu mystiky a praktického mysticismu.[9] Založil Křesťanskou obec moravských bratří, inspirovanou českobratrským duchem, která měla několik samostatných sborů i na Slovensku. Ty několikrát do roka navštěvoval. V té době byl vedoucí osobností baptismu v Rakousku a zastupoval jej na světových kongresech ve Philadelphii, Berlíně a Londýně.[10]Přesto právě v Brně zažíval nejvíce zraňující chvíle, když byl napadán jak z řad baptistů, tak katolíků, kteří  v něm spatřovali falešného proroka.[11]

V Brně také začal Čapek vydávat své první spisy a redigoval několik časopisů, ať již náboženského nebo tzv. lidovýchovného zaměření (Probuzení, Slovo pro život, Moravský bratr). Věnoval se rovněž otázkám praktické psychologie, duševní hygieny a psychologického poradenství. V tomto směru vydával „lidoznalecký sborník“ Talent a časopis Pramen.[12] V r. 1903 vydal spis Úryvky z dějin kacéřovaných křesťanů, v němž vyzýval k reformaci života, k tolik potřebné změně srdcí a smýšlení.[13] Čapkova práce měla již v Brně široký záběr, věnoval se činnosti spisovatelské, redaktorské, kazatelské a misijní.

V r. 1910 se dostal do sporu s mezinárodním svazem baptistů, který mu vyčítal, že se příliš odchyluje od ortodoxní tradice. V nelehkém duševním rozpoložení, zmítán otázkami se obrátil na Masaryka se žádostí o schůzku.[14] Masaryk mu vyhověl a poté, co Čapek vyložil své náboženské smýšlení, Masaryk řekl, že je v podstatě unitář a slíbil, že mu umožní účast na mezinárodním kongresu pokrokových církví v Berlíně, který se ten rok konal. Tak se také stalo. Čapek se zúčastnil kongresu jako novinář a seznámil se tam s presidentem americké unitářské asociace. [15] Čapek sám prohlásil, že byl smýšlením unitářem ještě dříve, než s nimi přišel do styku, a že v Pravdě šířil důsledně unitářskou myšlenku.[16]Význam setkání s unitáři na berlínském kongresu r. 1910 poněkud snižuje výpověď Máji Čapkové (Čapkovy třetí ženy). Ta později řekla, že se Čapek o unitářskou církev ve Spojených státech léta nezajímal, protože mu nebyla (r. 1910) ochotna pomoci v jeho duchovním hledání.[17]

Čapek zatím i nadále zůstával baptistou. Těsně před první světovou válkou se opět dostal do sporu s vedoucími představiteli baptismu. Bylo mu vytýkáno, že baptismus vzdaluje protestantismu. Navíc se blížila válečná katastrofa a Čapek se dozvěděl, že se ocitl na rakouské černé listině.[18] Proto přijal nabídku na místo baptistického kazatele v New Yorku (později také v Newarku) a odcestoval s rodinou do USA.[19]
Ve Spojených státech psal články do New York Times a New York Call. Sám vydával v letech 1916-1917 slovenský týdeník Besedy L’udu a deník Slovák.[20]Kromě žurnalistiky se věnoval práci mezi přistěhovalci z řad Čechů a Slováků a přednášel. Byl propagátorem Masarykova úsilí o vytvoření samostatného státu Čechů a Slováků. V tom se mu oporou a stálou spolupracovnicí stala jeho třetí žena Marie[21] (1888-1966; nejčastěji zvaná Mája).

Čapek se stále vzdělával a nyní byl jeho zájem soustředěn především na obecnou psychologii, psychologii náboženství, psychoterapii, srovnávací dějiny náboženství i nauku o typech a výběru zaměstnanců. Údajně bylo výsledkem Čapkových studií získání několika titulů z oboru teologie, filozofie a několika psychologických disciplín.[22] V r. 1916 se stal členem amerického institutu pro frenologii[23] (tj. teorie, která předpokládala souvislost mezi tvarem lebky a psychickými vlastnostmi. Vycházela z mylného předpokladu, že psychické vlastnosti jsou přesně umístěny v určitých částech mozku a stupeň vývoje těchto vlastností se promítá do tvaru lebky[24]). Pravdou je, že jak Čapkovo vzdělání, tak jeho zájem o frenologii a typologii[25], byly terčem kritiky. Např. profesor Josef Kubalík zpochybňuje získání Čapkova doktorátu.[26] Richard Henry v Čapkově životopise však uvádí, že titul doktora bohosloví byl Čapkovi udělen r. 1915 Orientální universitou ve Washingtonu.[27]

V r. 1917 vydal Čapek svůj spis Spiritism.[28] Ve Spojených státech si také všímal společenských poměrů a nedostatky mu neunikaly: „Amerika by nám mohla býti vzorem v mnohých věcech, méně však v řešení otázek sociálních. Doufejme, že bude v dohledné době učiti se od nás.“[29] Nějaký čas působil rovněž jako externí spolupracovník v americké armádě.[30]
V r. 1919 definitivně skončila jeho baptistická životní etapa. Vzdal se práce v baptistické církvi, neboť cítil, že s jejím učením se nadobro rozešel. Angloamerický baptismus  mu byl jen odnoží protestantismu, v němž jediný rozdíl je v křtu dospělých.[31] V Newarku si otevřel psychodiagnostickou poradenskou kancelář.[32]

R. 1921 vstoupil (i s manželkou) do unitářského sboru v Orange, kde byl duchovním Walter Reidl Hunt,[33] s nímž se poznal ještě před válkou na kongresu v Berlíně.

Přestože měl ve Státech zajištěné živobytí a slušné společenské postavení, přál si vrátit se domů. Bylo mu 51 let a hodlal naplnit svůj sen. V osvobozené vlasti, v samostatném Československu, probudit nové, pokrokové náboženství, navazující na ducha českého bratrství[34](Čapek se odvolával na bratrské „vždy lepších věcí žádostiv býti“[35], nikoliv na bratrskou věrouku). Seznámil se s unitářstvím americkým, anglickým i jiným a uvědomil si, že v každé zemi má unitářství mírně odlišnou podobu.[36] Nechtěl do Československa importovat unitářství zahraniční, ale byl přesvědčen o tom, že je třeba vytvořit unitářství blízké českému duchu, jeho tradicím, především tradicím pokrokových náboženských proudů. Se svým záměrem se svěřil americkým unitářům. Ti mu prostřednictvím Americké unitářské asociace přislíbili podporu.[37] V polovině roku 1921 se Norbert F. Čapek vrátil do vlasti.