Církevní zákon neumožňuje změnit příslušnost evidované právnické osoby mezi jednotlivými registrovanými církvemi při současném zachování její právní osobnosti. Například sbor jedné registrované církve se nemůže při trvání své právní osobnosti stát sborem jiné registrované církve (tj. „vyvázat“ se z jedné církve a „včlenit“ do jiné). Do značné míry je to logické, uvážíme-li, že evidovaná právnická osoba je považována za právnickou osobu s odvozenou právnickou subjektivitou,  přičemž svoji subjektivitu odvozuje od registrované církve.

Tato zákonná koncepce ovšem nevyhovuje vnitřnímu pojetí některých protestantských církví (např. Bratrská jednota baptistů, Církev bratrská), které jako primární entitu vnímají své sbory. Naopak registrovaná církev je v jejich teologickém pojetí sekundárním, odvozeným subjektem - jakousi zastřešující organizací. Sbory těchto církví jsou v jejich sebepojetí svobodné a mohou tak volně přecházet mezi jednotlivými obdobnými církvemi.

Právně realizovat tuto jejich teologickou reflexi zákon neumožňuje. Je-li sbor evidovanou právnickou osobou a chce-li opustit registrovanou církev a začlenit se do jiné, nemůže tak učinit bez ztráty právní kontinuity. Sbor coby subjekt práva musí zaniknout a v jiné registrované církvi vznikne zcela nový subjekt.

Majetek původního sboru zůstane v původní registrované církvi, a pokud nedojde k dohodě zúčastněných, neexistuje žádný způsob, jak by mohl přejít spolu s členy sboru do nové církve. (V praxi se s tímto problémem setkaly např. sbory Jednoty bratrské, které nesouhlasily s novým letničním směřováním církve, a proto přestoupily do Českobratrské církve evangelické, kde vytvořily tzv. ochranovský seniorát. Srov. usnesení Nejvyššího soudu ze dne 30. listopadu 2004, sp. zn. 20 Cdo 1419/2003.)

Chce-li církev zanechat svým sborům možnost právně opustit její strukturu, nabízí se za současné právní úpravy jako jediné (byť velmi nepohodlné) řešení zřizovat jednotlivé sbory v právní formě registrované církve. Církev coby zastřešující subjekt, pak může být zřízena v právní formě svazu církví a náboženských společností podle § 12 Církevního zákona.

Citováno z článku Jakuba Kříže Nezávislé zřizování církevních institucí jako projev církevní autonomie publikovaném v časopisu Časopis pro právní vědu a praxi

Abstrakt článku

Ačkoliv působení církví ve společnosti představuje „nezbytný předpoklad fungování občanské společnosti“, není legislativní úprava jejich postavení prosta kontroverzí. Příkladem za všechny může být notoricky známé nedávné peripetie přijímání zákona č. 428/2012 Sb., o majetkovém vyrovnání s církvemi a náboženskými společnostmi. O dekádu dříve byl přijat jiný neméně kontroverzní právní předpis – zákon č. 3/2002 Sb., o svobodě náboženského vyznání a postavení církví a náboženských společností a o změně některých zákonů (zákon o církvích a náboženských společnostech). Ten novým způsobem upravil řadu otázek životně důležitých pro postavení církví ve společnosti, a to způsobem, který církve považovaly za nešťastný. Jednou z oblastí, do které nová právní úprava zasáhla, byla právní úprava zřizování církevních institucí s právní subjektivitou.

Tento článek by si měli velmi pozorně prostudovat všichni, kdo jsou nakloněni podpořit záměr fundamentalistických sborů na vyloučení sboru Na Topolce z registrované církve Bratrská jednota baptistů a zavést tak v BJB administrativní vyřešení teologických rozdílností, které se v budoucnosti bude vztahovat i na další sbory - viz "láskyplné varování" v návrhu lovosického sboru na vyloučení Topolky.